
Команду образца 1997 года собирали в основном из лучших игроков Истринского района. Играющим тренером команды в то время был Владимир Антипов, который в настоящее время возглавляет команду.
В первый же год своего существования команда произвела фурор среди опытных участников первенства Московской области и заняла почетное второе место в турнире. Главной звездой той команды был Олег Лихобабин – известный в то время футболист, имеющий опыт выступления за крепкие коллективы первого и второго дивизионов. Стоит отметить, что Олег помогал не только в становлении команды, но и принимал активное участие в становлении ФК «Истра».

Успех «Истры» в 1998 году позволил ей на следующий сезон стартовать в турнире рангом выше – в первенстве России среди команд ЛФК. С тех пор прошло десять лет, и «Истра» из робкого дебютанта превратилась в опытного турнирного бойца. Если в 1999 году команда заняла 14 место в турнирной таблице, то после этого ни разу, ниже четвертого места не опускалась. При этом в команде в разные годы выступало немало ярких футболистов, которые своей игрой помогли «Истре» столько лет находиться в группе лидеров. Это и известный полузащитник Санкт-Петербургского «Зенита» Роман Широков, и Алексей Щепинов возглавивший ФК «Фортуна» в 2007 году, а также Алексей Чекалин, Андрей Акименко и Алексей Гончаров, Михаил Бесчастных прошедшие школу первого и второго дивизионов первенства России. После «Истра» финишировала на второй и третьей позициях, а в 2007 году заняла первое место в первенстве России среди ЛФК, сумев прорваться во второй дивизион.
В первом своем сезоне во втором дивизионе зона «Запад» ФК «Истра» занял 15 место.
В 2009 году команда финишировала на 4 месте во втором дивизионе, зона «Запад», что является рекордом клуба (на фото капитан образца 2009 Станислав Мурыгин № 7).
В 2010 команда заняла 8 место, но совершила кубковый подвиг, пробившись в 1/32 финала.
В сезоне 2011-2012 команда заняла 9 место, но рекордно пробилась в кубке до 1/16 финала, уступив достойно московскому «Спартаку».
Команда пользуется поддержкой Администрации Истринского муниципального района. Генеральный спонсор команды – ПСО-13.