Футбольный клуб «Истра» был основан в 1997 году. Администрацией Истринского района и руководством ОАО ПСО-13, возглавляемым Юрием Ивановичем Воротниным, было принято решение возродить футбольную команду, которая еще в советские времена участвовала в первенстве среди коллективов КФК. Тогда главной задачей клуба, как, впрочем, и сейчас, являлось достойное представление города Истры и Истринского района в целом в футбольных состязаниях разного уровня.Команду образца 1997 года собирали в основном из лучших игроков Истринского района. Играющим тренером команды в то время был Владимир Антипов, который в настоящее время возглавляет команду.
В первый же год своего существования команда произвела фурор среди опытных участников первенства Московской области и заняла почетное второе место в турнире. Главной звездой той команды был Олег Лихобабин – известный в то время футболист, имеющий опыт выступления за крепкие коллективы первого и второго дивизионов. Стоит отметить, что Олег помогал не только в становлении команды, но и принимал активное участие в становлении ФК «Истра».
На следующий год потенциал и результаты команды заметно усилились, и главным образом за счет приглашения на тренерский пост известного в прошлом нападающего московского «ЦСКА» и алмаатинского «Кайрата» 70-80 годов Геннадия Штромбергера. После завершения карьеры действующего игрока Геннадий Юрьевич работал помощником главного тренера в «ЦСКА» и «ЦСКА-2», а также являлся начальником армейской команды. Приняв «Истру», Геннадий Штромбергер пригласил в команду нескольких опытных игроков из Москвы. Игра «Истры» под началом опытного специалиста сразу же преобразилась, и в первый же сезон клуб выиграл все турниры, в которых участвовал – занял первое место в Чемпионате области и стал обладателем Кубка.Успех «Истры» в 1998 году позволил ей на следующий сезон стартовать в турнире рангом выше – в первенстве России среди команд ЛФК. С тех пор прошло десять лет, и «Истра» из робкого дебютанта превратилась в опытного турнирного бойца. Если в 1999 году команда заняла 14 место в турнирной таблице, то после этого ни разу, ниже четвертого места не опускалась. При этом в команде в разные годы выступало немало ярких футболистов, которые своей игрой помогли «Истре» столько лет находиться в группе лидеров. Это и известный полузащитник Санкт-Петербургского «Зенита» Роман Широков, и Алексей Щепинов возглавивший ФК «Фортуна» в 2007 году, а также Алексей Чекалин, Андрей Акименко и Алексей Гончаров, Михаил Бесчастных прошедшие школу первого и второго дивизионов первенства России. После «Истра» финишировала на второй и третьей позициях, а в 2007 году заняла первое место в первенстве России среди ЛФК, сумев прорваться во второй дивизион.
В первом своем сезоне во втором дивизионе зона «Запад» ФК «Истра» занял 15 место.
В 2009 году команда финишировала на 4 месте во втором дивизионе, зона «Запад», что является рекордом клуба (на фото капитан образца 2009 Станислав Мурыгин № 7).
В 2010 команда заняла 8 место, но совершила кубковый подвиг, пробившись в 1/32 финала.
В сезоне 2011-2012 команда заняла 9 место, но рекордно пробилась в кубке до 1/16 финала, уступив достойно московскому «Спартаку».
Команда пользуется поддержкой Администрации Истринского муниципального района. Генеральный спонсор команды – ПСО-13.
